كلية العلوم تناقش رسالة ماجستير بعنوان (بناء شجرة النشوء والتطور للكشف عن التطور التفصيلي للسارس-كوفيد – 2(

ناقش قسم علوم الحاسوب في كلية العلوم رسالة الماجستير للطالب علاء خضير عباس الموسومة (بناء شجرة النشوء والتطور للكشف عن التطور التفصيلي للسارس-كوفيد – 2(

اوضح الطالب ان الهدف من الرسالة هو بناء شجرة النشوء والتطور لاستنتاج العلاقات التطورية، وكيف ومتى اختلفت الأصناف عن سلفها المشترك، لتحديد الكائنات الحية الأكثر ارتباطًا ببعضها البعض وفهم أنماط وعمليات التنوع بين الكائنات الحية، المختلفة بناءً على مقارنة الخصائص الجينية المختلفة. يمكن استخدام الشجرة لفهم التاريخ التطوري لمجموعات مختلفة من الكائنات الحية ويمكن أيضاً استخدامها لعمل تنبؤات حول العلاقات بين الأنواع المختلفة. علاوةً على ذلك، يمكن أن يساعد بناء شجرة النشوء والتطور في تحديد الأحداث التطورية الرئيسية، مثل أصل السمات الجديدة أو ظهور سلالات جديدة.

في هذه الرسالة، يتضمن النظام المقترح ثلاثة أجزاء رئيسية: أولاً، بعد الاسترداد المباشر لبيانات الجينوم الكامل لـ SARS-CoV-2 وتسلسلات فيروس كورونا من الأجناس الأخرى (ألفا، بيتا، كاما ودلتا) من المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI)) عن طريق رقم الانضمام للتسلسل، يتم تطبيق خوارزمية محاذاة التسلسل المتعدد (MSA) لمحاذاة التسلسلات المتعددة. ثانياً، بناء أشجار النشوء والتطور بشكل أسرع وأكثر قوة باستخدام خوارزميات ربط الجوار (NJ)، والحد الأقصى من البخل (MP)، والاحتمالية القصوى (ML)، ثم تقييم ثقة وقوة الأشجار باستخدام قياسات التمهيد؛ وثالثاً، تحليل هذه الأشجار للكشف عن التطور التفصيلي للجينومات، مثل تعدد أشكال النيوكليوتيداالمفردةوالطفرات، وعمليات الإدخال والحذف

  أظهرت الرسالة نتائج التي تم فيها تطبيق الطرق الثلاث NJ وMP وML لبناء أشجار النشوء والتطور للجينوم الكامل وأربعة أجناس من فيروس كورونا  حيث تم الحصول على شجرة النشوء والتطور مدعومة جيدًا وجديرة بالثقة بقيمة تمهيدية بنسبة 100% لجميع فروع الأشجار عند تطبيق طريقة ML لكل جنس من أجناس فيروس كورونا.